Setelah bertahun-tahun perang yang sia-sia antara keempat wilayah Gamindustri (Planeptune, Lastation, Lowee, dan Leanbox) memperebutkan energi Share, sumber kekuatan mereka yang didasarkan pada seberapa besar kepercayaan rakyat mereka kepada dewi mereka, keempat CPU yang memerintah mereka akhirnya menandatangani perjanjian persahabatan. Perjanjian tersebut melarang segala upaya untuk mengklaim energi Share melalui kekuatan militer, dengan harapan membawa perdamaian dan kemakmuran ke dunia mereka. Namun, sebulan setelah perjanjian tersebut, Neptune, Dewi CPU dari Planeptune, menghabiskan waktunya dengan bermalas-malasan dan bermain game daripada melakukan pekerjaannya, yang menyebabkan Share di wilayahnya anjlok.
Choujigen Game Neptune The Animation mengikuti upaya Neptune dan teman-temannya untuk meningkatkan Share, sambil menghadapi ancaman eksternal yang dapat mengakhiri Dewi dan Gamindustri itu sendiri.
